Desenho de Primers

Introdução
Dentre as diversas áreas das ciências biológicas, a principal ramo que estuda toda a composição, os mecanismos de replicação, transcrição e tradução do material genético é a Genética Molecular. O foco principal de estudo foi em relação a replicação do material genético in vitro, também chamado de PCR (do inglês Polymerase Chain Reaction, com a tradução de Reação em Cadeia da Polimerase). Essa técnica é utilizada na Biologia Molecular para a amplificação de um fragmento específico de DNA. Dentre os diversos reagentes necessários para a PCR, destaca-se o chamado Iniciador (ou Primer do inglês). O primer é um curto fragmento de ácido nucleico que varia entre 15-40 nucleotídeos, e é essencial pois ele é o iniciador da replicação, é o que fornece a extremidade 3’ OH para a polimerase replicar o fragmento. Para a realização de uma PCR é necessário que um primer seja desenhado de acordo com o seu gene ou fragmento de interesse, para que ele possa se ligar ao DNA e permitir a amplificação da região. O intuito da prática foi utilizar um programa computacional que desenhe primers de acordo com especificações.

Materiais e métodos
Parte 1
Para a prática foi retirado de um banco de dados (http://www.ensembl.org), uma sequencia gênica da catalase bovina para a realização da atividade.

E a sequência foi selecionada e copiada no formato FASTA, para ser colocada no programa Primer 3.

No programa Primer3, a sequencia foi colada e algumas especificações foram mudadas. O tamanho do amplicon foi mudado para 500 pb, e a região de inclusão foi de 150-200 pb do gene. E foram selecionadas caixas do primer foward, reverse e sonda.

Tamanho do amplicon.

Região de inclusão.
Após todas as especificações mudadas, o botão “Pick Primers” foi selecionado, e os resultados obtidos mostram o primer foward, reverse e a sonda.

De acordo com a imagem acima pode-se obter a temperatura de