Também chamado de trilha MBR, ou trilha zero, o setor de boot do HD armazena informações sobre o sistema operacional instalado, quais arquivos devem ser carregados para inicializar o sistema etc. O BIOS é muito limitado neste sentido, embora seja capaz de contar a memória e reconhecer os periféricos instalados (via plug-and-play) o BIOS não tem a mínima idéia do que fazer em seguida. O setor de boot funciona como um ponto de partida, assim que o POST é concluído, o BIOS lê o setor de boot e segue as instruções que estiverem gravadas nele, que iniciarão o carregamento do sistema operacional. Geralmente o boot é feito através do HD, mas de acordo com o que for configurado na opção "Boot Sequence" no Setup o BIOS pode procurar o boot também no disquete, no CD-ROM, num disco Zip ou até mesmo tentar dar boot através da rede. Caso o setor de boot seja danificado por qualquer motivo, não será mais possível dar boot pelo HD. Ao instalar qualquer sistema operacional, este irá reescrever o setor de boot, deixando as instruções que permitirão ao BIOS carregá-lo. É possível instalar mais de um sistema operacional no mesmo HD usando um gerenciador de boot (como o lilo do Linux) que é um programinha que ficará encarregado de lhe perguntar, a cada boot, qual sistema operacional deve ser carregado. Para limpar o setor de boot do HD, você pode dar boot usando um disquete de boot do Windows 95 ou 98 e usar o comando "FDISK /MBR".
Bloco de boot
O bloco de boot é utilizado pelo sistema como bloco de boot; ele ativa um programa para carregar o núcleo do sistema operacional. Este bloco não é utilizado pelo gerenciador do sistema de arquivos.