Eletroforese
Na eletroforese capilar por zona, a composição do tampão é constante na região da separação. O potencial aplicado faz com que os diferentes componentes iônicos da mistura migrem de acordo com a sua própria mobilidade e se separem em zonas que podem ser completamente resolvidas ou apresentar superposição parcial.
Separação de íons pequenos
Na maioria das separações de íons pequenos por eletroforese, verificou-se que, para diminuir o tempo, o melhor é deslocar os íons do analito na mesma direção, do fluxo eletroosmótico. Assim, em separações de cátions, as paredes do capilar não são tratadas e o fluxo eletroosmótico e o movimento dos cátions vão em direção ao catodo. Em separação de anions, por outro lado, o fluxo eletroosmótico é usualmente invertido.
No passado, o método mais comum de analise de ânions pequenos foi à cromatografia de troca iônica. Para cátions as técnicas preferidas eram a espectroscopia de absorção atômica e a espectroscopia de emissão por plasma. Entretanto, recentemente, os métodos de eletroforese capilar começaram a competir com métodos tradicionais para analise de íons pequenos. Várias razões importantes para a adoção de métodos de eletroforese foram identificadas: baixo custo dos equipamentos, menores tamanhos de amostras, velocidade muito maior e melhor resolução.
Os tamanhos de amostras para eletroforese estão no intervalo de nanolitros enquanto que amostras de microlitros ou maiores usualmente são necessárias em outros tipos de analise de íons pequenos. Assim, os métodos de eletroforese são mais sensíveis que os outros métodos baseados em massa.
Separação de espécies moleculares
Muitos herbicidas, pesticidas e fármacos sintéticos pequenos que são iônicos ou cujos derivados podem ser iônicos podem ser separados e analisados por CZE.
eletroforese capilar em gel (cge)
A eletroforese capilar em gel é comumente realizada em uma matriz polimérica porosa de gel, cujos poros contem uma mistura