O filme conta a estória de Thomas Anderson, um jovem programador de computador que mora em um cubículo escuro, é atormentado por estranhos pesadelos nos quais se encontra conectado por cabos e contra sua vontade, em um imenso sistema de computadores do futuro. Em todas essas ocasiões, acorda gritando no exato momento em que os eletrodos estão para penetrar em seu cérebro. À medida que o sonho se repete, Anderson começa a ter dúvidas sobre a realidade. Por meio do encontro com os misteriosos Morpheus. Thomas descobre que é, assim como outras pessoas, vítima do Matrix, um sistema inteligente e artificial que manipula a mente das pessoas, criando a ilusão de um mundo real enquanto usa os cérebros e corpos dos indivíduos para produzir energia. Morpheus, entretanto, está convencido de que Thomas é Neo, o aguardado messias capaz de enfrentar o Matrix e conduzir as pessoas de volta à realidade e à liberdade. Matrix é uma simulação que cria um mundo imaginário onde as pessoas são prisioneiras da realidade, muito mais como a Caverna de Platão. As sombras ou imagens que os presos vêem no muro são tudo que os presos sabem do mundo fora da caverna. Projeções de objetos que não são reais, mas parecem reais porque eles nunca viram o mundo real. Pessoas na Matrix só vêem o que mostram as máquinas, tornando difícil acordar de um sonho contínuo, estão aprisionados em um mundo ilusório e incapazes de se libertar. O principal tema da Alegoria da Caverna é nos alertar de nossa ignorância, e aquilo que você vê não é real, expresso pelas “Matrixes.”