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Kratos é guiado pela deusa Atena até a cidade de Atenas, que está sendo sitiada por escravos de Ares. Kratos abre caminho batalhando até o oráculo de Atenas, mas não antes de ter um encontro com um estranho coveiro, que encoraja Kratos a continuar com sua tarefa. Encontrando o oráculo, Kratos descobre que a única maneira de matar Ares é localizando e usando a Caixa de Pandora, um lendário artefato que dá a um mortal poderes para se matar um deus.
Após atravessar o Deserto das Almas Perdidas, Kratos convoca o Titã Cronos. Cronos possui o Templo de Pandora anexado em suas costas: um castigo imposto por Zeus a Cronos na Grande Guerra. Kratos escala o Templo durante três dias antes de atingir a entrada, e ao entrar supera uma série de armadilhas mortais e um exército de monstros. Kratos finalmente encontra a Caixa de Pandora, mas ao tentar sair do Templo com o artefato ele é assassinado por Ares, que tem certeza de que seu ex-servo foi sucedido. Enquanto um grupo de harpias leva a Caixa à Ares, Kratos está a cair no Hades (Submundo ou Mundo Inferior, o inferno dos gregos). Kratos, no entanto, luta para sair do submundo, e com a ajuda do coveiro misterioso, que menciona que Atena não é o único deus olhando por ele, escapa e retorna a Atenas.
Ao recuperar a Caixa de Pandora de Ares, Kratos a abre e usa o seu poder para tomar os poderes de um deus. Apesar dos melhores esforços de Ares para acabar com Kratos, tanto fisicamente quanto mentalmente, incluindo ser despojado das Lâminas do Caos, perder os Poderes Divinos, e lutar contra uma Horda de Clones e perder sua família novamente, Kratos sobrevive e mata seu inimigo com a lendária Lâmina dos Deuses. A cidade de Atenas é salva, e apesar da deusa Atena dizer que seus pecados foram perdoados, ela o informa de que seus pesadelos nunca irão cessar. Kratos então tenta cometer suicídio, lançando-se no Mar Egeu, mas Atena intervém, dizendo que não caberia a ele Kratos tirar a própria vida, pois a morte