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Com exceção do lado situado a frente do Nilo, o território de Tell el-Amarna é cercado por uma cadeia rochosa, sendo completamente delimitado por estelas. A parte central da cidade, a mais importante, compreendia o Templo dedicado a Aton, conhecido como Grande Templo, e o edifício oficial do estado, o Grande Palácio. A residência particular de Akhenaton ficava do outro lado da rua e era interligada ao palácio através de uma ponte. Este aglomerado de edifícios oficiais era cercado, a norte e a sul, por residências privadas, oficinas, estúdios de escultores, etc.
Próximo da extremidade da baía de Tell el-Amarna encontrava-se o Maru Aton, grupo de edifícios que compreendia também um lago, um quiosque numa ilha e um canteiro de flores, decorado com pavimentos pintados. No extremo norte, encontrava-se o Palácio do Norte, possivelmente mais uma residência real.
Os túmulos foram cavados nos rochedos que cercam a planície, tornando Tell el-Amarna uma das mais importantes necrópoles do Império Novo. Caracterizavam-se por dois grandes grupos, obedecendo a um plano semelhante ao dos túmulos tebanos da 18ª dinastia: um pátio exterior, uma sala comprida e uma sala larga, ambas, por vezes, com colunas e um nicho para estátuas. Tendo como forma decorativa o baixo relevo.
As concepções arquitetônicas egípcias foram revolucionadas junto a reforma, através da construção de templos a céu aberto, visando a contemplação e introdução ao ambiente o deus solar. As casas caracterizavam-se pela ausência de jardins, porém possuíam as mesmas divisões básicas das grandes casas. A sala exterior abria para a rua, como forma de entrada para os visitantes. A sala central servia como convívio principal, encontrando-se na parte traseira um pequeno quarto,