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A história de Alagoinhas começa com o início do seu povoamento, no final do século XVIII, quando um padre português fundou uma capela no seu território e daí começou a próspera vila em função da chegada de imigrantes e da passagem da estrada de boiadas, acesso para o norte e para o sertão brasileiro, motivo do título dado por Ruy Barbosa de "Pórtico de Ouro do Sertão Baiano"
Enquanto vila, Alagoinhas recebeu vários nomes, os quais foram Freguesia da Água Fria, Freguesia de Santo Antônio das Lagoinhas e posteriormente Villa de Santo Antônio d'Alagoinhas. Este último nome, foi o último como vila, que depois foi desmembrada da Vila de Inhambupe, para ser emancipada como Município de Alagoinhas.
Em volta da igreja de Santo Antônio várias casas foram construídas, desse modo o povoado foi elevado a vila, através da Resolução Provincial 442 de 16 de junho de 1852. Mais tarde, do mesmo modo, causado pelo desenvolvimento da vila, que era gerado e norteado pela estação ferroviária, a qual era o centro de atividades econômicas, devido ao grande fluxo de pessoas e mercadorias, foi elevado a município de Santo Antônio de Alagoinhas, sendo desmembrado do município de Inhambupe.
Segundo o IBGE, o distrito de Alagoinhas foi criado no dia 15 de outubro de 1816, pertencendo a Inhambupe até 16 de junho de 1852, quando se tornou um município. A emancipação política de Alagoinhas foi oficializada há 153 anos, no dia 2 de julho de 1853, com a posse da primeira Câmara Municipal e do presidente do Conselho, o coronel José Joaquim Leal.
Em 1964 foi descoberto um poço de petróleo no município, o MG-1-BA. Três anos depois já havia 30 poços, motivo que fez com que a Petrobras se instalasse no município, gerando seu desenvolvimento e aumentando os investimentos, mas também crescimento desordenado, deixando várias pessoas sem saneamento básico e acesso aos serviços de saúde.
Juntando a ferrovia com os poços de petróleo, Alagoinhas cresceu bastante economicamente, tornando-se pólo de sua