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A endogamia é o acasalamento de animais mais aparentados do que a média da população, ou de uma população base da qual não se conhece os ascendentes. Este tipo de acasalamento pode ocorrer simplesmente porque indivíduos aparentados estão geograficamente próximos e isolados de outros indivíduos. Com isso, populações muito pequenas sempre apresentam algum grau de endogamia, já que os membros destas populações compartilham ancestrais recentes. Tecnicamente a endogamia é constituída pela ancestralidade comum entre pares de acasalamento.
O grau de endogamia de um indivíduo é descrito pelo coeficiente de endogamia (F) ou formalmente, pela probabilidade de que 2 alelos em um locos formado ao acaso sejam idênticos por descendência. O F de um individuo pode ser calculado como a metade do parentesco entre seus pais. O parentesco, por sua vez, representa a porcentagem esperada de genes em comum entre os indivíduos.
Assim, a intensificação do uso de métodos de avaliação genética que permite identificar animais geneticamente superiores de forma mais precisa, e de biotécnicas reprodutivas que permitem difundir o material genético superior mais rapidamente, contribuem para que os programas de melhoramento não apenas acelerem o progresso genético, mas também se tornem mais propensos a endogamia. Um exemplo disso foi relatado por Weigel (2001), com relação as principais raças de bovinos de leite dos EUA. Onde, na maioria das raças, o crescimento da taxa de endogamia, que era em torno de 0,05% ao ano, no período de 1960 a 1980, passou para 0,2% ao ano de 1980 para 2000, fazendo a taxa média de endogamia passar de 1% para 5% em 20 anos.
Generalizando, podemos dizer que quando há qualquer grau de endogamia, o número de