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Ácidos graxos provenientes da seção de armazenamentos alimenta o reator de esterificação, em duas correntes que se dividem, sendo que a maior parte, cerca de 80% da alimentação, passa pelo pré-aquecedor e são aquecidos até a temperatura de 130°C no reator. A corrente menor de ácidos graxos, é misturada com metanol da estocagem e é alimentada como refluxo à bandeja de topo do reator.
O reator é uma coluna com treze estágios de reação e com oito bandejas de destilação e lavagem acima da bandeja superior de reação. Cada bandeja de reação contém resina catalítica e um inventário líquido que é agitado por vapores de metanol que passa de um prato a outro, coluna acima. Os vapores de metanol também fornecem o mesmo para a reação de esterificação e retira a água que é um subproduto dos estágios. As bandejas fornecem o tempo de residência requerido para que a reação ocorra.
Uma segunda corrente de metanol é alimentada ao reboiler da coluna de reação, que vaporiza-se junto com o fluido de fundo do reator. Os produtos no fundo do reator são constituídos principalmente de ésteres metílicos e metanol, onde o efluente do reator é filtrado e em seguida enviado à seção de hidrogenação.
No topo do reator metanol, água e o DME (éter di metílico), resultante da reação entre duas moléculas de metanol, são enviados a uma coluna de destilação, em que o metanol será recuperado e retornado ao reator de esterificação, água sairá pelo fundo e o DME será purgado como gás de combustível na saída de topo da coluna. A torre é constituída por sessenta pratos de destilação, um condensador de topo, que recebe essa corrente de metanol de topo, sendo que uma parte dessa corrente é reciclada como refluxo à coluna, e um reboiler.
No fundo da coluna, uma corrente de água é enviada a um decantador, que tem a função de recuperar possíveis matérias graxas provenientes do reator de esterificação, e a água enviada a um sistema de tratamento de efluente.