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O município de Borborema tem, como fundadores, o major José Claudino do Nascimento, a família Flávio Simões (oriunda da cidade de Dourado) e as famílias Rosa e Pizzolante, que, em 12 de maio de 1902, instalaram na região e deram origem ao patrimônio (livro do municípios do Estado de São Paulo) com documentação tombada no arquivo Nacional dos Municípios do Estado de São Paulo e do Brasil. As famílias Flávio Simões, Rosa e Pizzolante doaram os 20 alqueires de suas terras para a formação do Patrimônio de São Sebastião e a construção da capela no centro do município. O riacho que cruza a cidade recebeu o nome de "Ribeirão dos Fugidos", em referência a um pequeno quilombo de escravos fugidos que existia perto do riacho. Borborema era denominada de Vila do Ribeirão dos Fugidos até 1909, quando passou para o nível de distrito, recebendo, então, o nome de "Borborema".
Em 1925, desmembrou-se e passou para o nível de município, então com 500 habitantes. Mas passou a ter os poderes definitivamente instalados apenas em 21 de março de 1926.
Borborema teve um crescimento lento até a década de 1930, quando passou a ter um acelerado crescimento econômico e populacional, tornando-se uma das cidades mais importantes da região. Foi o período do algodão, cujo auge ocorreu na década de 1940. As fazendas de propriedade dos Flavio Simões e outros agropecuaristas da região embarcavam toda sua produção de algodão e também todo o gado para o abatedouro do Frigorífico Wilson, em Campinas, para corte, posteriormente para São Paulo. Foi naquele período que a estrada de ferro trouxe muito progresso ao município: a Estrada de Ferro Douradense, vinda de Dourado e São Carlos e que foi fundamental na recuperação do município, juntamente com a cultura do café e do gado nas fazendas da região. O município cresceu e ficou sendo referência no Estado de São Paulo na produção de algodão, leite e gado de corte.
Com a Segunda Guerra Mundial (1939-1945) e a