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O confinamento intensivo tem também sido criticado por suas conseqüências no ambiente e na saúde humana. Nos EUA, estima-se que até 70% de todos os nutrientes que atingem as águas de superfície, principalmente nitrogênio e fósforo, são originários ou de fertilizantes agrícolas ou de dejetos de confinamentos de animais (NRC, 1989).
Também as águas subterrâneas, nos EUA, tem sido poluídas por fertilizantes, pesticidas e acúmulo de dejetos de confinamentos.
Em Santa Catarina, a poluição de águas no Oeste – inclusive de poços artesianos - tem sido em parte atribuída à suinocultura intensiva. Levantamentos realizados em zonas rurais das regiões produtoras de suínos e aves confinadas, de Santa Catarina, revelam que 85 % das fontes de água estão contaminadas por coliformes fecais, oriundos do lançamento direto do esterco, principalmente de suínos, em cursos ou mananciais d’água (LOHMANN, 1999). Este problema é especialmente grave em períodos de chuva e com o esterco líquido, cuja quantidade diária produzida é de 4,9% a 8,5% do peso vivo do animal (SILVA & MAGALHÃES, 2001). Quer dizer, um suíno de 60kg produz em torno de 4kg de esterco líquido por dia. Quando os dejetos encontram mananciais ou cursos de água, geram sérios desequilíbrios ecológicos: redução do teor de oxigênio dissolvido na água, disseminação de agentes patogênicos e contaminação
(da água) por amônio, nitratos e outros elementos (MENEGAT, 1999).
O poder poluente dos dejetos é bem maior que a do esgoto humano. Enquanto a
Demanda Bioquímica de Oxigênio (DBO) é de cerca de 200 mg/L no esgoto