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Um dos comandantes mais bem-sucedidos negros era Toussaint Louverture, um autodidata filho de escravos domésticos. Como Jean François e Biassou, ele inicialmente lutou pela Coroa Espanhola neste período. Após os britânicos invadirem Saint-Domingue, Louverture decidiu lutar para os franceses se eles concordassem em libertar todos os escravos. Sonthonax proclamou o fim da escravatura em 29 de agosto de 1793. Louverture trabalhou com um general francês, Étienne Laveaux, para garantir que todos os escravos fossem libertados. Ele trouxe suas forças para o lado francês em maio de 1794 e começou a lutar pela Primeira República Francesa. Muitos africanos escravizados foram atraídos para as forças de Toussaint, que insistiu na disciplina e restringiu a chacina.
François-Dominique Toussaint Louverture.
Sob a liderança militar de Toussaint, as forças compostas principalmente de ex-escravos conseguiram ganhar concessões dos britânicos e expulsar as forças espanholas. No final, Toussaint, essencialmente, restabeleceu o controle de Saint-Domingue para a França. Tendo se tornado senhor da ilha, no entanto, Toussaint não queria entregar poder demais para a França. Ele começou a governar o país efetivamente como uma entidade autônoma. Louverture superou uma sucessão de rivais locais (incluindo o Comissário Sonthonax, André Rigaud, um homem livre de cor que lutou para manter o controle do sul, e Comte d'Hedouville).19 Toussaint derrotou a Força Expedicionária britânica em 1798. Além disso, ele liderou uma invasão da vizinha Santo Domingo (dezembro de 1800), e libertou os escravos lá em 3 de janeiro de 1801.
Em 1801, Louverture emitiu uma constituição de Saint-Domingue que previa a autonomia e decretava que ele seria governador vitalício. Em retaliação, Napoleão Bonaparte, enviou uma grande força expedicionária de soldados franceses e navios de guerra para a ilha, liderados pelo cunhado de Bonaparte, Charles Leclerc, para restabelecer o domínio francês.