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Selecção natural

Darwin admitia que os organismos estavam sujeitos a uma selecção natural
. Em cada geração uma boa parte dos indivíduos é naturalmente eliminada porque se estabelece entre eles uma “luta pela sobrevivência”, devido à competição pelo alimento e pelo refúgio
. Sobrevivem os indivíduos que estiverem mais bem adaptados, isto é, os que possuírem as características que lhes conferem qualquer vantagem em relação aos restantes. Os menos aptos ao longo do tempo serão eliminados progressivamente. Existe, pois, uma selecção natural, processo que ocorre na natureza e pelo qual só os indivíduos mais bem dotados relativamente a determinadas condições do ambiente sobrevivem
. Os indivíduos mais bem adaptados vivem durante mais tempo e reproduzem-se mais, transmitindo as suas características à descendência, ou seja, verifica-se uma reprodução diferencial. A acumulação das pequenas variações determina a longo prazo a transformação e o aparecimento de novas espécies.
1) Teoria do ascendente comum

Na viagem às ilhas Galápagos, Darwin verificou que o formato do bico de três espécies de pássaros locais sugeria serem eles descendentes de um ancestral que habitava o continente. Ciente de que a evolução não cria mecanismos particulares para qualquer espécie, entendeu que esse ancestral devia descender de outro: "Todas as nossas plantas e animais descendem de algum ser no qual a vida surgiu antes". Nenhuma das teorias de Darwin foi aceita com tanto entusiasmo como esta, porque dava sentido à semelhança entre os seres vivos, à distribuição geográfica de certas espécies e à anatomia comparada. Um século mais tarde, ao demonstrar que os genes das bactérias são quimicamente iguais aos das plantas, dos fungos ou dos vertebrados, a biologia molecular ofereceu a prova definitiva de que todos os organismos complexos descendem de seres unicelulares.
2) Teoria da evolução como tal

Segundo ela, o mundo não se encontra em equilíbrio estático, as espécies se transformam