Graduanda

A eficiência da triagem baseada em PCR usando uma biblioteca de BAC de cana-de-açúcar

A cana é uma cultura altamente poliploide, heterozigota e geneticamente complexa de grande importância econômica em países tropicais e subtropicais.
Cultivares de cana são derivadas de alguns inter-cruzamentos de Saccharum barbari, S. edule, S. Officinarum, S. robustum, S. sinense e S. spontaneum.
A identificação dos clones específicos de Cromossomo Artificial Bacteriano (BAC), bibliotecas (grandes bibliotecas de DNA de inserção) correspondentes a sequências de DNA específicas (isto é, seleção da biblioteca BAC) foi realizada através de sondagem das membranas de nylon de alta densidade.
Este método de hibridação, enquanto confiável, requer o uso problemático de sondas marcadas radioativamente.
Seleção baseada em PCR das bibliotecas BAC é uma alternativa atrativa à seleção baseada em hibridação, uma vez que a seleção por PCR é significativamente mais barata, e a eficiência da seleção baseada em PCR pode ser significativamente melhorada por pool da biblioteca BAC.
No plano de agrupamento dimensional, clones são frequentemente agrupados por placa, em seguida por linha e por último pela coluna.
Seleção em PCR dos diferentes pools permite a identificação de endereços específicos de BAC (placa, linha e coluna) contendo o local correspondente da sequência.
Neste estudo, três SNPs loci (SugSNP_151, SugSNP_382 e SugSNP_715) foram utilizados para selecionar uma biblioteca de cana de açúcar a partir da variedade SP80-3280 para verificar a eficácia da seleção baseada em PCR.
A biblioteca SP80-3280 BAC contém 221.184 clones e há uma associação 3D já construída para metade da biblioteca (110.592 clones), representando 1.2X o genoma da cana (10 Gb).
Este Pool 3D foi usado para selecionar três SNP loci já ligados em um mapa genético inédito.
Dois primers foram concebidos flanqueando o local SNP, amplificado em DNA genômico, verificando-se a formação de uma única banda e