Governo geral 1548 á 1580 Com fracasso do sistema das capitanias hereditárias, o governo português realizou a centralização da administração colonial com a criação do governo-geral, em 1548. Entre as justificativas mais comuns para que esse primeiro sistema viesse a entrar em colapso, podemos destacar o isolamento entre as capitanias, a falta de interesse ou experiência administrativa e a própria resistência contra a ocupação territorial oferecida pelos índios. Com isso o governo português realizou a centralização da administração colonial com a criação do governo geral dando certa independência aos donatários capitanias em relação ao governo português. Dai surgiu o governo o governador-geral, que tinha a função de controle e centralização das capitanias. O governador-geral deveria também viabilizar a criação de novos engenhos, a integração dos indígenas com os centros de colonização, o combate do comércio ilegal, construir embarcações, defender os colonos e realizar a busca por metais preciosos. Mesmo que centralizadora, essa experiência não determinou que o governador cumprisse todas essas tarefas por si só. De tal modo, o governo-geral trouxe a criação de novos cargos administrativos, como o ouvidor-mor era o funcionário responsável pela resolução de todos os problemas de natureza judiciária e o cumprimento das leis vigentes. O chamado provedor-mor estabelecia os seus trabalhos na organização dos gastos administrativos e na arrecadação dos impostos cobrados. Além destas duas autoridades, o capitão-mor desenvolvia ações militares de defesa que estavam, principalmente, ligadas ao combate dos invasores estrangeiros e ao ataque dos nativos. O capitão-mor deveria também impedir as tentativas do inimigo de estrangeiro de tirar proveito das riqueza locais, ou seja era responsável pelas ações militares de defesas ligadas aos invasores.
Nesse período o Brasil teve como governadores gerais, Tomé de Sousa, Duarte da Costa e Mem de Sá. Tomé de Sousa ficou responsável