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Raiz:
A raiz é o órgão da planta que normalmente se encontra abaixo da superfície do solo. Tem duas funções principais: servir como meio de fixação ao solo e como órgão absorvente de água, compostos nitrogenados e outras substâncias minerais como potássio e fósforo (matéria bruta ou inorgânica). Quase sempre subterrânea. Há, no entanto, plantas dotadas de raízes especiais, como as figueiras com as suas raízes via, e as plantas epífitas.
Função da raiz: Essencialmente mecânicas e fisiológicas. Promover a fixação da planta, absorver do solo a água e os minerais nele contidos, podendo ainda assumir funções de reserva como outras.
Desenvolve-se a partir da radícula do embrião, é destituída de clorofila (na maioria dos casos) e nunca possui folhas o que, juntamente com a estrutura interna, permite distinguir em caso de dúvida, como no de certos tubérculos, uma raiz de um caule.
Algumas raízes são comestíveis, como a cenoura, o ginseng, o nabo o rabanete a mandioca e a beterraba. Estas raízes não devem ser confundidas com tubérculo como a batata, bulbos como a cebola, pois estes são caules subterrâneos, e não raízes.

Caule:
O caule realiza a integração de raízes e folhas, tanto do ponto de vista estrutural como funcional. Em outras palavras, além de constituir a estrutura física onde se inserem raízes e folhas, o caule desempenha as funções de condução de agua e sais minerais das raízes para as flores, e de condução de matéria orgânica das folhas para as raízes.
Chama-se de caule o órgão condutor de seivas (tanto seiva bruta como seiva elaborada) das plantas, por que sustenta a copa das árvores. Possui gemas (apical e axilar) de onde brotam os nós, os ramos, as folhas e as flores. O meristema é o tecido responsável pelo crescimento do caule.
Os caules são, em geral, estruturas aéreas, que crescem verticalmente em relação ao solo. Existem, no entanto, caules que crescem horizontalmente, muitas vezes subterraneamente.
Caules subterrâneos podem ser