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Na colonização espanhola da América, a estruturação político-administrativa era basicamente a mesma do reino. A Casa de Contratación, em Sevilha, era a responsável pela gestão dos negócios coloniais, nomeando os funcionários para as colônias, funcionários estes que comumente lesavam a coroa por meio de corrupção sempre protegida pela impunidade. Constituía-se, também, na mais alta corte espanhola o Supremo Tribunal de Justiça, estância máxima de apelação para questões relacionadas ao processo de colonização.
O transporte e a distribuição adotados pelos espanhóis era composto por dois sistemas que se interligavam e se completavam. O sistema de Porto Único, instituído em 1503, determinando que a frota sairia e chegaria na Espanha somente através do porto de Sevilha (mais tarde este monopólio é quebrado ao incluir também o porto de Cádiz).
A ideia era centralizar a entrada e saída de mercadorias para facilitar a fiscalização e impedir o contrabando, coisas muito difíceis de se fazer até os dias de hoje. O outro sistema utilizado era o de Frota Anual, surgido em 1540, estabelecia que as viagens de transporte marítimo deveriam acontecer em comboios de galeões que eram escoltados pela “invencível armada” espanhola. O intuito era impedir a ação de piratas protegidos pelos interesses ingleses. Estas frotas atravessariam o Atlântico no mínimo duas vezes ao ano.
O início da exploração se deu através da distribuição de adelantados, cargos de nobreza que advinham da posse de terras a serem conquistadas em regiões fronteiriças pelo senhor-guerreiro. Os poderes eram teoricamente ilimitados e a exploração econômica era por conta do senhor que pagava um quinto de imposto ao estado. Também era responsabilidade do adelantado a cristianização do índio.
Conforme se desenvolvia uma estrutura produtiva e consumidora na América espanhola, a corte teve que melhorar sua estrutura burocrático administrativa. Para tanto dividiu as