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Como já foi dito, o antagonismo entre fé e razão remonta a tempos antigos. O filósofo Anaxágoras foi obrigado por Atenas a fugir para impedir que fosse condenado publicamente, por suspeita de conceber um novo deus. O teólogo e filósofo italiano Giordano Bruno foi condenado à morte na fogueira pela Inquisição Romana, acusado de sustentar opiniões contrárias à fé católica sobre a Trindade, Jesus como Cristo, virgindade de Maria, Transubstanciação e outras.
A Filosofia tem como característica o estabelecimento de conceitos cada vez mais racionais através da História e mostra que, desde o início, a relação da fé com razão tem os seus momentos de embate e de reconciliação. Na Grécia Antiga, a Filosofia surgiu como uma tentativa de superar os obstáculos originados de uma fé cega em narrativas de Homero e Hesíodo. Para os seguidores de uma crença religiosa, o espírito é imortal; para a Filosofia, esta é uma afirmação que exige provas concretas.
Por causa dos questionamentos da Filosofia, o Cristianismo se transformou em Teologia, ciência que aborda Deus, mudando os textos da história santificada para teoria. A crença cristã queria fundamentar o seu domínio ideológico, debatendo sobre alguns temas. Porém ainda há certas crenças que não poderiam ser compreendidas por meio da razão e, sem provas lógicas, apoiando-se na fé, tornam-se enigmas que não podem ser questionados, transformando-se em dogmas.
Na Era Moderna, surgiu o Renascimento que apelava à razão humana e muitos pensadores daquela época, tais como Galileu, Bruno e Descartes, reinventaram o pensamento contra a fé cega das crenças religiosas. O Iluminismo, expressão desse movimento, abarcava a superação das crenças e superstições infundadas, pautando-se na razão. Para a religião, a Filosofia é a ciência da incredulidade; já a Filosofia vê a religião como preconceituosa e desatualizada. Como podemos ver, esse embate entre razão e fé parece ser contínuo e a verdade completa não está em posse de nenhuma das