Ácidos Nucléicos – Estruturas, função e compactação do genoma.

Ácidos Nucléicos – Estruturas, função e compactação do genoma.

DNA – polímero de unidades de desoxirribonucleotídeos.
RNA – polímero de unidades de ribonucleotídeos.
Nucleotídeos:
Desoxirribose ou ribose (Pentoses)
Base nitrogenada
1 a 3 grupos fosfato (PO4-)
Bases nitrogenadas:
Purinas – A e G
Pirimidinas – C e T (DNA)
Pirimidinas – C e U (RNA)
Ligação glicosídica entre açúcar e base.
Pontes fosfodiéster entre nucleotídeos adjacentes. Orientação 5’ → 3’.

DNA – Fita dupla (Antiparalelas) – Fita simples em vírus de E. coli.
Pareamento A-T e A-U - Duas pontes de H.
C-G – Três pontes de H.
Pareamentos com mesma distância entre si.
A dupla hélice gera uma cavidade maior e uma menor. A maior permite melhor acesso ao DNA para moléculas que interagem com o DNA – proteínas.
Forças que estabilizam a dupla hélice.
Efeitos hidrofóbicos e hidrofílicos
Empilhamento de bases – Força de Van der Walls
Cadeias açúcar fosfato são carregadas negativamente – cátions (Mg2+) neutralizam a repulsão entre as fitas.
Desnaturação e anelamento do DNA- Importância do GC%.
Brometo de etídeo.
Tipos de DNA
Tipo B:
Forma clássica descrita por Watson e Crick.
A dupla hélice gira para a direita.
10,4 pares de base por volta. Passo da hélice – 3,4 nm.
Tipo A:
Gira para direita.
11 pares de base por volta. Passo – 2,6 nm.
Tipo Z: Ziguezague
Gira para esquerda. Longo e fino. 12 pb por volta. Passo – 4,56 nm.
Formas de DNA
DNA linear
DNA circular
DNA circular plano. Relaxado.
Estrutura tridimensional – superenrolada.
Superenrolamento positivo e negativo.
Topoisomerases
- Enzimas que promovem a quebra transitória nas pontes fosfodiéster.
- Permitem a introdução ou remoção de superenrolamento no DNA.
Topo I e III em E. coli quebram uma das fitas.
Topo II ou DNA girase em E. coli quebra as duas fitas.
OUTRAS FORMAS DE DNA
Hélices triplas
Telômeros
Estruturas cruciformes – palíndromo
Concatâmeros e nós – replicação e recombinação em DNAs circulares.