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Administração Portuguesa e Igreja Católica
Capitanias Hereditárias
Na década de 1530, Portugal começava a perder a hegemonia do comércio na África Ocidental e no Índico. Então, em 1532, o rei decidiu ocupar as terras pelo regime de capitanias, mas num sistema hereditário, pelo qual a exploração passaria a ser direito de família. Foram criadas, nesta divisão, quinze faixas longitudinais de diferentes larguras que iam de acidentes geográficos no litoral até o Meridiano das Tordesilhas, e foram oferecidas a doze donatários. Após o fracasso do projeto de capitanias, o rei João III unificou as capitanias sob um Governo-Geral do Brasil e em 7 de janeiro de 1549 nomeou Tomé de Sousa para assumir o cargo de governador-geral. A expedição do primeiro governador chegou ao Brasil. Com ordens para fundar uma cidade para abrigar a sede da administração colonial. O local escolhido foi a Baía de Todos os Santos e a cidade foi chamada de São Salvador da Baía de Todos os Santos.
União Ibérica
Com o desaparecimento de D.Sebastião e posteriormente a morte de D. Henrique I, Portugal ficou sob união pessoal com a Espanha, e foi governada pelos três reis Filipe (Filipe II, Filipe III e Filipe IV, dos quais se subtrai um número quando referentes a Portugal e ao Brasil). Isso virtualmente acabou com a linha divisória do meridiano das Tordesilhas e permitiu que o Brasil se expandisse para o oeste.
Várias expedições exploratórias do interior (chamado de "os sertões") foram organizadas, fosse sob ordens diretas da Coroa ("entradas") ou por caçadores de escravos paulistas ("bandeiras", donde o nome "bandeirantes"). Estas expedições duravam anos e tinham o objetivo principalmente de capturar índios como escravos e encontrar pedras preciosas e metais valiosos, como ouro e prata. Foram bandeirantes famosos, entre outros, Fernão Dias Paes Leme, Bartolomeu Bueno da Silva (Anhanguera), Raposo Tavares, Domingos Jorge Velho, Borba Gato e Antônio Azevedo.