A história ocorre no ano de 1327(Séc.XIV) em um mosteiro Beneditino Italiano. No mosteiro havia uma biblioteca que guardava pergaminhos e livros que eram proibidos. Um monge franciscano e um noviço foram para o mosteiro para investigar várias mortes que estavam ocorrendo, os mortos eram encontrados com a língua e os dedos roxos. Em meio a esses assassinatos, vários temas que naquela época eram tratados com muito rigor, vêm, em primeiro, a questão da homossexualidade, que dois monges se beijam, depois a busca pelo perdão que eles tratam em forma de punições, como no filme aparece um monge se chicoteando, as bruxarias que vêm ao caso de um dos monges que é doente mental, em cenas ele vive atrás de restos de animais e galinhas pretas para praticar, e a paixão que envolveu o noviço com uma mulher que era muda e mendiga, eles se envolveram sexualmente em umas das cenas mais fortes do filme. Foi achada a causa dos assassinatos, pelo monge franciscano, que havia um livro cuja tinta era utilizada para escrevê-lo, estava envenenada, o livro foi escrito pelo filosofo Aristóteles, ofendendo a igreja católica medieval. O acesso a este livro era restrito, pelo fato que ele era considerado uma ameaça à doutrina cristã. Era uma comedia que era vista como uma forma de fazer com que as pessoas perdessem o temor à Deus e, portanto, faria desmoronar todo o poder da igreja naquele tempo. O monge entrou nessa biblioteca mas foi visto pelo pior monge, ele conhecia a biblioteca toda e colocou fogo nela e fugiu , essa biblioteca era muito parecida com um labirinto para poder enganar as pessoas que a entrassem nela, o franciscano conseguiu fugir com o livro mas não salvou o mosteiro e, junto com o noviço, foram em busca de respostas pelo mundo.