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A origem
Os peixes são o grupo mais antigo de vertebrados, cuja origem remonta há 500 milhões de anos. As primeiras formas não tinham mandíbulas, nem barbatanas ou escamas. A aquisição de mandíbulas foi um passo importante na evolução pois permitiu ao peixe começar a mastigar e assim, morder alimentos maiores. Característica de Agnatha Possuem corpo alongado e uma abertura nasal; Não possuem mandíbula, ossos, escamas e nadadeiras pares; As lampréias são parasitas de água doce que atacam outros peixes com uma sucção da boca, raspando e succionando os fluídos do corpo do parasitado. Possuem dois canais semicircular em cada lado; Os peixes-bruxa são cavadores marinhos que fazem tocas em sedimento lamoso. Comem material em decomposição. Possuem apenas um canal semi-circular em cada lado. Existem poucos registros fósseis e não claros.
Conodontes
Logo depois na árvore evolutiva, viriam os Conodontes, peixes que teriam registro fóssil provenientes do final do período Cambriano e início do Triássico. Basicamente nestes organismos foram registradas o que seria as primeiras brânquias. No ano de 1983 alguns fósseis completos foram recuperados.
Estes organismos possuíam corpo alongado e olhos grandes, suportados por cartilagem. Basicamente as partes encontradas de conodontes eram formadas por dentina e esmalte. As branquispinas indicavam uma alimentação por filtração por formarem um sistema de malhas, porém alguns outros do grupo apresentavam estruturas modificadas que possivelmente eram utilizadas para captura das presas. De maneira geral os Conodontes são similares aos ciclostomados, entretanto mais evoluídos que os ciclostomados hoje existentes.
Apesar do surgimento dos peixes no Cambriano, a diversificação deles ocorreu no Período Siluriano, cerca de 443 milhões de anos a 417 milhões de anos, sendo que no Devoniano surgiram os primeiros peixes com mandíbulas (417 milhões de anos a 354 m.a)

Com a diversificação dos peixes ocorrendo no