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A guerra civil sudanesa foi dividida em duas fases:A primeira guerra sudanesa e, A segunda guerra sudanesa.
A primeira guerra sudanesa foi um conflito ocorrido entre 1955 e 1972 a parte norte do Sudão e a parte sul que exigia maior autonomia regional. Um milhão e meio de pessoas morreram durante os 17 anos de guerra, o conflito só foi encerrado com a assinatura do tratado de Adis Abeba de 1972.
No entanto, o acordo que pôs fim aos combates em 1972 fracassou completamente, levando a um reacender do conflito norte-sul no Sudão durante a Segunda Guerra Civil(1983-2005). O período entre 1955 e 2005 é considerado às vezes como um conflito único, com um cessar fogo de 11 anos que separou as duas fases da violência.
A segunda guerra civil sudanesa foi um conflito ocorrido entre a parte norte do Sudão e a parte sul teve inicio em 1983 quando o governo muçulmano do norte tentou impor varias leis islâmicas em todo o país, inclusive no sul onde a maioria da população é cristã e animista.
Para alguns a segunda guerra civil sudanesa é a continuação da primeira guerra civil, ocorreu principalmente no sul do Sudão e foi uma das guerras mais longas e mais mortíferas do final do século XX.
O conflito que durou mais de 21 anos deixou aproximadamente dois milhões de civis mortos no sul, como resultado da guerra, fome e doenças causadas pelo conflito e mais de quatro milhões de refugiados; O número de mortes de civis é um dos mais altos do que qualquer guerra desde a segunda guerra mundial.
Após quase três anos de negociações o conflito foi encerrado com a assinatura do Tratado de Naivasha em 9 de Janeiro de 2005, Os rebeldes do sul na luta contra o governo eram liderados por Jonh Garag, que se tornou o primeiro vice-presidente do Sudão após a assinatura do acordo de paz. Da assinatura deste tratado surgiu a região autônoma do Sudão do sul.