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Depois de ter regressado a Viena, já casado com Martha, em uma de suas palestras na Sociedade Médica de Viena, Freud apresentou sua teoria sobre o inconsciente e os resultados que estava tendo com os pacientes que apresentavam traumas vindos de fatos ocorridos na infância. Enfatizou a necessidade de descobrir os elos que os uniam. Ele foi totalmente desacreditado pelos colegas e despedido do seu emprego no hospital.
Durante as terapias com seus pacientes, Freud começou a perceber o problema da repressão e, através da análise, procurou pelo trauma que causava os sintomas que se apresentavam. Em uma das sessões, ele se deparou com um paciente, que em estado hipnótico, sentia desejos pela própria mãe. Esse fato o espantou, pois o fez questionar seu próprio inconsciente. Frente aos sonhos que começou a ter, Freud iniciou uma autoanálise e a angustia o dominou. Esse foi seu primeiro momento de desânimo, quando decidiu parar de pesquisar. Entretanto, foi nesse contexto que começaram a surgir as primeiras linhas da teoria sobre a sexualidade.
Ao procurar o médico e amigo Breuer para desabafar, ambos perceberam que havia um erro na teoria de Charcot: a