Especiação

A primeira resposta científica sobre a origem dos seres vivos começou a ser dada por Charles Darwin. Antes disso predominava a Teoria Especial da Criação, na qual os organismos teriam sido criados por Deus durante os seis dias da Criação descritos em Gênesis 1- 2:4. Adão e Eva seriam os progenitores de todos os indivíduos viventes hoje. Todas as espécies seriam imutáveis, ou seja, e a variação dentro das espécies seria limitada. A Criação seria um evento recente, segundo o bispo da Igreja Protestante Irlandesa, que em 1664 calculou que a Terra teria 5668 anos.

Entretanto evidências da Biologia e Geologia mostravam que as espécies mudavam ao longo do tempo e descendiam com modificações de ancestrais comuns.

A homologia foi definida como uma similaridade devido a caminhos de desenvolvimento comuns. Darwin explicou essa similaridade através da existência de um ancestral comum. Durante a viagem da Beagle, Darwin observou que a população de um tipo de pássaro imitador variava de ilha para ilha. Apesar de similares na cor, tamanho e formato e de serem bastante parecidos uns com os outros, cada população parecia distinta o suficiente para ser classificada como outra espécie. Isso foi confirmado por colegas taxonomistas ingleses de Darwin na sua volta. O mesmo ocorreu para espécies de tartarugas e pássaros canoros.

Assim, a radiação de espécies correlacionadas pela cadeia de ilhas confirma a teoria de descendência com modificação.

Mudanças ao longo do tempo

Pelo estudo de fósseis, o paleontologista William Clift verificou que mamíferos vivos de um local estavam mais intimamente ligados aos fósseis do mesmo local do que à fauna de outras regiões. Com isso, mais evidências se acumulavam a favor da Teoria Evolucionista.
Darwin notou que a presença de estruturas vestigiais (órgãos rudimentares) em grande quantidade de organismos. Alguns peixes cavadores demersais cegos possuiam globo ocular, mas não possuiam olhos. Aves e insetos que não voam possuiam