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O islamismo, introduzido pelos almorávidas, durante muito tempo atingiu somente as classes dirigentes. Ao redor do Chade, sucederam-se ou coexistiram diferentes reinos: Baguirni, Uadai e Kanen-Bornu, islamizados superficialmente. O Islã deu origem também à reinos teocráticos, no vale do Senegal e no Futa-Djalon, onde ocorreram conversões massa no século XIX. Na costa do golfo de Benin formaram-se reinos animistas, menores, porém, muito centralizados, como Achanti e Daomé. A leste do deserto da Líbia, o reino cristão da Núbia passou, pouco a pouco ao controle do Islã, o da Etiópia, refugiado nas montanhas após a ruína de Aksum por volta do século VI, sobreviveu - apesar de uma história tumultuada - até a sua reorganização, na segunda metade do século XIX, sob uma dinastia igualmente abissínia. Na costa oriental surgiu uma série de sultanatos fundados pelos árabes, que prosperaram até a chegada dos portugueses, no século XVI. Madagascar povoou-se de indonésios desde uma data desconhecida até perto do século XIII.
A chegada dos portugueses no século XV trouxe grandes mudanças, pois o comércio português, em breve seguido pelo de outras nações européias como os Países Baixos, Dinamarca, Grã-Bretanha e França, por intermédio de companhias autorizadas, baseava-se essencialmente no tráfego de escravos. Do século VII ao XX, cerca de 14 milhões de escravos foram levados para o mundo árabe pelo Saara e pelos portos da costa oriental. A eles se devem somar os que, do século XV ao XIX, foram para a América: de 15 a 20 milhões, mais os que morreram durante a viagem. Os chefes das regiões costeiras, foram, no decorrer do século XIX, substituindo a "mercadoria humana" por produtos tropicais (óleo de coco), que eram trocados por tecidos e armas.