Análise da Similaridade de Estruturas de Proteínas

Clarivando Francisco Beliz´rio J´ nior a u

An´lise da similaridade de estruturas de a prote´ ınas Uberlˆndia a 2013

Clarivando Francisco Beliz´rio J´ nior a u

An´lise da similaridade de estruturas de a prote´ ınas Relat´rio de Est´gio Supervisionado apreo a sentado a Faculdade de Computa¸ao da Uni` c˜ versidade Federal de Uberlˆndia, como requia sito parcial ` obten¸˜o do grau de Bacharel a ca em Ciˆncia da Computa¸ao e c˜

Orientador: Dino Rog´rio Coinete Franklin e ˆ
Universidade Federal de Uberlandia

Uberlˆndia a 2013

Relat´rio de est´gio sob o t´ o a ıtulo An´lise da similaridade de estruturas de prote´nas, dea ı fendido por Clarivando Francisco Beliz´rio J´nior e aprovado em 12 de junho de 2013, a u em Uberlˆndia, Estado de Minas Gerais, pela banca examinadora: a Prof. Dr. Dino Rog´rio Coinete Franklin e Orientador

Prof. Dr. L´zaro Jonas Camargos a Universidade Federal de Uberlˆndia a Prof. Paulo Rodolfo da Silva Leite Coelho
Universidade Federal de Uberlˆndia a Resumo
A estrutura tridimensional das prote´ ınas pode ser mapeada para um mapa de contato e, consequentemente, pode-se avaliar a similaridade de estruturas de prote´ ınas comparando seus mapas de contato. Esses mapas consistem de matrizes bin´rias e sim´tricas e, a e portanto, s˜o equivalentes a matrizes de adjacˆncia de grafos e imagens bitonais. Neste a e trabalho comparamos estruturas de prote´ ınas medindo a similaridade de grafos e a similaridade de imagens obtidas a partir de mapas de contato de prote´ ınas. Palavras-chave: estrutura de prote´ ına; classifica¸ao de prote´ c˜ ınas; mapa de contato; similaridade de grafos; medida de similaridade; DCT

Abstract
The 3D protein structure can be mapped to a contact map and hence one can evaluate the similarity of protein structures by comparing their contact maps. These maps are symmetric binary matrices and therefore equivalent to adjacency matrices