SCOP CATH SWISS MODEL

ENGENHARIA BIOTECNOLÓGICA
Discente: Augusto Cesar Barchi

Docente: Juliana de Oliveira

Disciplina: Bioinformática

Classificação Proteômica
As proteínas podem ser agrupadas de acordo com características em comum, a mais determinante reside no padrão de enovelamento que acarreta numa estrutura secundária e sua inter-relação, as conformações supersecundárias e terciárias. Tais classificações são importantes, por exemplo, para inferir padrões evolucionários e de parentescos em proteínas recém-descobertas. As proteínas possuem níveis de agrupamento de acordo com o padrão de enovelamento e se tais padrões inferem, realmente, conclusões evolucionárias, tendo assim cadeias polipeptídicas divididas em famílias, superfamílias e topologias (folds). Para facilitar os acessos e manipulações das informações acerca dessas classificações, bancos de dados organizam-nas e disponibilizam-nas, até certo ponto, na internet. O SCOP (Structural
Classification of Proteins) e o CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily) são alguns exemplos que serão abordados no presente relatório, focando principalmente na sua utilização básica.

SCOP
Através do site http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ acessamos o Structural Classification of
Proteins (SCOP) que auxilia no entendimento estrutural da proteína e sua relação com conceitos evolutivos, através da classificação e agrupamentos da proteína em “níveis hierárquicos”, além de disponibilização de artigos científicos acerca do assunto. Para acessar essas informações, podemos realizar uma busca na área “Acess Methods”, basicamente no
“Keyword search of SCOP entries”, na qual pode-se colocar palavras-chaves e códigos de diversos bancos de dados como o do PDB. Podemos usar como exemplo a biomolécula
Haloalkane Dehalogenase (2DHC), que gerou os seguintes resultados classificatórios:

Fig. 1 – Classificação da proteína Haloalkane Dehalogenase em classe, fold (topologia), superfamília, família e espécie encontrada. Perceba q o fator