AN ÁLISE IN SÍLICO D E GE N E S D E ESCHERICHIA COLI E N TE R OPATOGÊ N ICA (E PE C)

A Escheri chi a col i enteropatogêni ca (E P E C ) é i m portante causa de di arréi a i nf anti l nos paí ses em desenvol vi m ento e m esm o nos paí ses desenvol vi dos conti nua a ser um probl em a de saúde públ i ca por está associ ada a casos de di arréi a endêm i ca, surtos de di arréi a e casos de di arréi a persi stente. A presença do pl asm í di o E AF caracteri za as cepas tí pi cas de E P E C , que se enquadram em soroti pos O:H bem def i ni dos. N este trabal ho obj eti vam os obter a sequênci a de genes com o m ai s al to grau de com pati bi l i dade por m ei o da bi oi nf orm áti ca com o f erram enta onde são apl i cadas anál i ses i n síl i co de genes em di f erentes zonas de i nserção desta bactéri a, a saber: EPEC O55:H6; EPEC O114:H2; EPEC O26:H11; EPEC O55:H34; tRNA Sel C; e tRNA-Leu .
I ni ci al m ente, f oi real i zada um a busca no banco de dados do N ati onal C enter f or Bi otechnol ogy I nf orm ati on (N C BI ), para i denti f i cação das seqüênci as de gene da bactéri a. E m segui da, as seqüênci as f oram cl austeri zadas usando o program a Sequence Assem bl y P rogram (C AP 3). E m segui da, f oi real i zada a i denti f i cação no quadro de l ei tura aberta (OR F ), uti l i zando o program a OR F F i nder com a i denti f i cação das regi ões 3'-U T R e 5'-U T R de cada seqüênci a.
E ssa seqüênci a f oi usada no program a de pedági o P ri m er3. E stas entradas construí das i n si l i co dar m argem para um a possí vel val i dação de resul tados.
Através da anál i se uti l i zando di f erentes sof tw ares onl i ne (N C BI , C AP 3, OR F , BLAST e P R I M E R 3), f oi possí vel detectar al to grau de com pati bi l i dade com vári as bactéri as pertencentes à m esm a f am í l i a da E. col i , a Enterob acteri acea, com o a Shi gel l a fl exneri (100%),