A evolução das bactérias
As informações genotípicas são superiores às fenotípicas: o conceito de “relógio evolutivo” está relacionado com a taxa de mudança genotípica. Um cronómetro (molécula cuja sequência muda ao longo do tempo) de se grande o suficiente, ter uma gama extensa e ser o mais aleatório possível. O rRNA preenche estes requisitos. São usados três métodos para se extrair informações importantes a nível filogenético de dado alinhamento de uma sequência de rRNA: a distância da matriz, a análise de parcimónia e a análise de cluster.
As bactérias têm características próprias e alguns cronómetros conseguem gravá-las, existe, então, uma genealogia bacteriana. Foi sugerido por características de rRNA, que a taxa de bactérias fosse naturalmente definida.
A árvore filogenética não deve ser desenhada de forma definitiva, pois ainda não se conhece a origem da vida. A sua característica mais evidente é a distinção dos reinos primários. Nela é possível observar diferenças entre eucariontes e procariontes.
Woese dividiu os procariontes em dois grupos, com base nas