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Em alguns países as por causa das evoluções cientificas o catolicismo acabou perdendo a legitimidade, entretanto nos países que a reforma se consolidava a igreja católica conseguiu uma aceitação incontestável.Em Portugal e Espanha a estrutura inquisitiva perduraria por um longo tempo, já na Alemanha e na França a meta era perseguir os criminosos, produzir uma contra-reforma e resgatar a doutrina da igreja católica.
A igreja aliando-se com os Estados absolutistas, aumentou seu rol de culpáveis tipificando como crime qualquer oposição ao poder, não se admitia nenhum pensamento contrario aos dogmas da igreja sendo esses considerados hereges e assim estabelecendo uma justiça onipresente, para não infrigir os dogmas da igreja o clero não podia sujar suas mãos com sangue assim ficava para o estado a punição.
Tiveram alguns fatores fundamentais para o processo de evolução processual, um deles foi a ressucitação do Corpus Iuris Civilis no século XII, a igreja instigou a mudança para o processo inquisitorial colocando como principais vantagens; a)denuncias eram publicas, b)acusação anônima, c) para condenar necessitava de provas concretas, d) redimencionou a tortura para a obtenção de confissoes.
A tortura aumentou o numero de condenados pois com facilidade se conseguia a confição, porem os inquisidores usurpavam do limite da tortura, limites estes colocados no manual ‘‘Directorium Inquisitorum’’, logo depois houve a diferenciação do delito e pecado, e os crimes contra a igreja (heresia) passou e ter jurisdição mista, tendo com consequencia os conflitos de competência jurídica, para resolver o problema se colocou a regra de que teria preferencia o tribunal que iniciava a causa ou se delegava ao tribunal competente, a igreja definia a gravidade e o Estado fazia a execução.
Era um judiciário vinculado ao poder e interesses da igreja.