vice reino do peru
A constituição de um governo estável foi adiada devido a revoltas dos nativos contra os bandos apelidados conquistadores (liderados por Pizarro e Diego de Almagro). Os espanhóis estabeleceram um sistema chamado encomienda, pelo qual obrigavam a população local a trabalhar em seu favor, tributando-os, e em troca forneciam-lhes proteção e catequização. O título de toda a terra pertencia ao rei da Espanha, que a arrendava aos desbravadores. Como governador do Peru, Pizarro usou o sistema de encomienda para ganhar poderes ilimitados sobre os nativos, formando a base social da colônia. A população indígena do Peru era agora obrigada a criar gado, galinhas e trabalhar na plantação e colheita das culturas agrícolas trazidas do velho mundo. Qualquer resistência era severamente punida, dando origem à alcunha leyenda negra ("lenda negra") aos espanhóis, pelo martírio que impunham aos nativos.
Em 1541, Pizarro foi assassinado por uma facção liderada por Diego de Almagro (El Mozo), e a estabilidade do regime colonial foi abalada pela subseqüente guerra civil. No ano seguinte (1542) foi criado o Vice-reino do Peru, abrangendo quase todo o domínio espanhol nas Américas; mas que acabou se dividindo em 1717 com a criação do Vice-reino de Nova Granada e em 1776 com o surgimento do Vice-reino do Rio da Prata.
Em resposta aos conflitos internos que surgiram na província com a