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Cerrado - Atingido pela construção de Brasília e a implantação de toda infra-estrutura necessária que passaram a integrar a nova capital ao resto do país, o cerrado também tem sido rapidamente degradado por causa do crescimento da agropecuária, perdendo cerca de 80% da sua vegetação original, comprometendo uma das maiores reservas de água doce do mundo. A pecuária e o cultivo de soja causaram profundos impactos ambientais, como assoreamento do leito dos rios, a poluição do solo e de nascentes de rios das bacias do Amazonas e do São Francisco por agrotóxicos e a destruição de grandes áreas de vegetação original em razão do aumento do número de rodovias, carvoarias e crescimento populacional.
Caatinga - Outro grave problema ambiental é o processo de desertificação de grandes áreas da caatinga, provocado pelo desmatamento da vegetação nativa, pela ocupação urbana, agropecuária, carvoarias e degradação do solo. A ocupação do sertão nordestino começou com o ciclo do gado, por ter na pecuária sua atividade econômica complementar, a grande riqueza da época da colonização , a cana de açúcar.
Litorâneos - Também os manguezais e as restingas encontram-se entre os ecossistemas mais