Tese de Mestrado sobre processamento de RNA

Universidade de Lisboa
Faculdade de Ciências
Departamento de Biologia Vegetal

The role of chromatin on RNA
Polymerase II transcription termination

Ana Filipa Batalha Martins

Dissertação
Mestrado em Biologia Molecular e Genética
2012

Universidade de Lisboa
Faculdade de Ciências
Departamento de Biologia Vegetal

The role of chromatin on RNA
Polymerase II transcription termination

Ana Filipa Batalha Martins

Dissertação orientada pelo Doutor Sérgio Fernandes de
Almeida e pelo Prof. Doutor Júlio Duarte
Mestrado em Biologia Molecular e Genética
2012

Table of Contents
Sumário

i

Resumo

ii

Abstract

v

Introduction
1. Chromatin basics

1

2. Nucleosome structure

2

3. Nucleosome dynamics and genome accessibility

3

4. Transcriptional control of gene expression

6

5. Interplay between chromatin and transcription

7

Experimental Procedures
1. Cell culture and drug treatment

9

2. RNA isolation and cDNA synthesis

9

3. Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)

9

4. Micrococcal Nuclease Assay (MNase)

9

5. Quantitative real time PCR (qRT-PCR)

10

Results
1. Transcriptional modulation of UPR-responsive genes reveals a dynamic behavior of RNA
Polymerase II downstream of poly(A) sites

11

2. Genomic regions downstream of poly(A) sites display reduced histone displacement and impaired nucleosome eviction

14

3. FACT recruitment decreases downstream of poly(A) sites

16

4. H3K4me, H3K4me2 and H3K9me histone marks are enriched at the 3’ flanking region of genes 16
Discussion

19

Acknowledgments

21

References

22

Annex I

28

Sumário
Tem-se tornado cada vez mais evidente que a transcrição no ambiente da cromatina é um processo extremamente complexo e finamente regulado. É agora claro que a maquinaria transcricional eucariótica está adaptada para explorar a presença de nucleossomas de variadíssimas e sofisticadas maneiras. Após activação, os