São Paulo
Ao redor do colégio formou-se uma pequena povoação de índios convertidos, jesuítas e colonizadores. Em 1560, a população do povoado seria expressivamente ampliada, quando, por ordem de Mem de Sá, governador-geral da colônia, os habitantes da vila de Santo André da Borda do Campo são transferidos para os arredores do colégio. A vila de Santo André é extinta, e o povoado é elevado a esta categoria, com o nome de "Vila de São Paulo de Piratininga". Por ato régio é criada, no mesmo, ano, sua Câmara Municipal, então chamada "Casa do Conselho". É provavelmente nesse mesmo ano de 1560 que é criada a "Confraria da Misericórdia de São Paulo" (atual Santa Casa de Misericórdia).
Em 1562, incomodados com a aliança entre guaianases e portugueses, os índios tupinambás, unidos na Confederação dos Tamoios, lançam uma série de ataques contra a vila. A defesa organizada por João Ramalho impede que os tupinambás entrem em São Paulo, e os obriga a recuar, em 10 de julho do mesmo ano.
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