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Windows – Sistema de Arquivos
O sistema de arquivos preferencial do Windows é o NTFS, este surgiu com o lançamento do Windows NT é capaz de reverter os dados à condição anterior ao incidente, isso ocorre pois durante o processo de boot, o sistema operacional consulta um arquivo de log que registra todas as operações efetuadas e entra em ação ao identificar nele os pontos problemáticos. Neste modelo, temos o tamanho limite do arquivo de acordo com o tamanho do volume. Tem suporte a criptografia, indexação e compactação
Esse sistema oferece muitas vantagens, incluindo:
A capacidade de recuperar alguns erros de disco automaticamente, o que o FAT32 não faz.
Maior suporte para discos rígidos de maior capacidade.
Mais segurança, pois permite usar permissões e criptografia para restringir o acesso a determinados arquivos a usuários aprovados.

Linux – Sistemas de Arquivos
Atualmente, o Linux utiliza o sistema de arquivos EXT4. Este sistema de arquivos é sucessor do EXT3, portanto, é uma versão melhorada. Entre suas características, vale destacar que o EXT4 suporta 1EB de sistemas de arquivos e 16TB de arquivos. Se o usuário utiliza o EXT3, ele pode facilmente mudar para o EXT4, e o novo sistema de arquivos irá utilizar sua estrutura apenas em dados novos, os antigos ficaram intocáveis, mas poderão ser lidos e modificados. O EXT4 quebra o limite de subdiretórios, permitindo que o usuário crie quantos subdiretórios quiser. Ele também usa um alocador multiblocos, que atribui muitos blocos em uma única chamada. Outra característica é a alocação atrasada, enquanto o arquivo é mantido no cache, até que seja gravado no disco, isso dá ao alocador de blocos a oportunidade de otimizar a alocação. Além disso, o Fsck, que normalmente é uma operação muito lenta, fica até 20 vezes mais rápida nesse sistema de arquivos.

Vantagens:
Gigante, suporta 1EB de sistemas de arquivos;
Undelete: permite que arquivos sejam recuperados;
Compatibilidade,