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As bactérias também têm sido empregadas em larga escala na indústria farmacêutica, para a produção de antibióticos e vitaminas. Na indústria química, a produção de substâncias como o metanol, o butano, a acetona, requer o uso de bactérias. Nas grandes cidades, as bactérias decompositoras ganham destaque, uma vez que decompõem matéria orgânica dos esgotos e do lixo. Essa degradação, produz o gás metano.
O potencial biotecnológico das bactérias aumentou nas últimas décadas com o desenvolvimento da técnica do DNA recombinante (engenharia genética), que consiste em introduzir genes humanos em bactérias, fazendo com que elas produzam proteínas humanas. O hormônio do crescimento humano e a insulina humana, são produzidos por bactérias geneticamente transformadas.
As bactérias também são utilizadas para limpar áreas ambientais contaminadas por poluentes. O grande interesse por esse tipo de procedimento se deve ao fato dele ser menos prejudicial ao ambiente que os processos não-biológicos utilizados atualmente.
Insulina produzida por bactérias geneticamente modificadas e produção de medicamentos a partir deanticorpos monoclonais
O desenvolvimento científico e tecnológico tem possibilitado o aproveitamento de seres vivos em tecnologias úteis à humanidade, atividade conhecida genericamente como biotecnologia. Bactérias dos dos gêneros Lactobacillus e Streptococcus, por exemplo, são indispensáveis na produção de queijos, iogurtes e requeijões; e as Acetobacter, convertem o álcool do vinho em ácido acético, participam da produção de vinagre.
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