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Com a necessidade de se criar um centro político e administrativo capaz de congregar todas as capitanias, foi instituído, em 1549, o governo geral. Assim, em 29 de março, aportou na Baía de Todos- os- Santos o primeiro governador-geral, o fidalgo português Tomé de Sousa. Além de colonos e subalternos da Coroa, Tomé de Sousa conduzia os seis primeiros religiosos da Companhia de Jesus, chefiados pelo padre Manoel da Nobrega. Logo depois foi criado o primeiro bispado da colônia, ocupado por dom Pero Fernandes Sardinha.
Em 1553, chega, para substituir Tomé de Sousa, Duarte da Costa. Ele trouxe em sua comitiva mais alguns jesuitas, dentre eles José de Anchieta. Mem de Sá substituiu Duarte da Costa. Seu governo foi marcado pela harmonia com a Igreja, ao contrário do seu antecessor. Até a invasão holandesa, mais 12 portugueses governaram o Brasil, cuja sede era a Bahia.
Carta de Doação:documento pelo qual a coroa cedia o uso das terras ao donatario.
Floral:documento pelo qual a coroa estabelecia os direitos privilegios e os deveres do donatario.
O Capitão donatario recebia dois documentos:o carta de doação e o floral.
ENGENHO.
Engenho de