O filme conta história de um monge e um noviço, que chega a um mosteiro no norte da Itália Medieval, a idade média assistiu na sua agonia um grande debate Filosófico Religioso. Perdendo o equilíbrio dos Tomismos, homem medieval caiu em dois extremos opostos, de um lado o humanista racionalista Frei Guilherme de Ockham, um édito moderno. Tais humanistas cultivaram o antropocentrismo julgaram que graças às ciências e a técnica, o homem seria capaz de vencer todas as misérias do mundo, até criar uma era de grande prosperidade material e de completa felicidade natural. De outro lado místicos com visão pessimista da realidade. Para eles o mundo era intrinsecamente mau e irredimível por ser obra de um DEUS perverso, distinto da divindade. Acreditavam que a razão humana era má e só seria desejável perder-se no nada divino. Movimentos ecléticos do século XIV, a luta contra a mistificação, o poder, o esvaziamento de valores pela demagogia, são mostrados em um cenário sangrento sobre a política da historia da humanidade. O filme pode ser interpretado como um caráter filosófico quase metafísico já que nele também busca a verdade , a explicação, a solução do mistério , a partir de um novo método de investigação, o filme aborda mentalidade primitiva que é uma das críticas de Mikel Dufrenne. Estranhas mortes começam a ocorrer no mosteiro beneditino, onde as vítimas aparecem sempre com os dedos e a língua roxos ,há também uma violência sexual, no qual mulheres se vendem aos monges em troca de comida e muitas vezes depois elas são mortas. O monge franciscano representa o intelectual renascentista, que com uma postura humanista e racional, consegue desvendar a verdade por trás dos crimes cometidos no mosteiro.