IQB201 Aula 04 Estrutura de Proteinas 03 2011

IQB201 – Bioquímica Básica I

Estrutura de Proteínas
Joab Trajano Silva

Instituto de Química/UFRJ

As proteínas apresentam diferentes graus de organização estrutural

Ligações Peptídicas

Aspartame, um adoçante artificial

O aspartame é um éster metílico do dipeptídeo aspartilfenilalania, que é cerca de 200 vezes mais doce que o açúcar de mesa

As Ligações Peptídicas Ocorrem em Trans ou em Cis

Geometria da Ligação Peptídica

Linus Pauling e Robert Corey analisaram a geometria e dimensões da ligação peptídica na estrutura cristalina de proteínas. Os resultados do comprimento das ligações são apresentados em Angstrom e os ângulos em graus.

A ligação peptídica tem característica de dupla ligação

A ligação C-N na ligação peptídica é 10% mais curta que a ligação C-N usual. Isto se deve ao fato da ligação peptídica ter característica de dupla ligação, devido à ressonância que ocorre com na ligação amida.

A ligação peptídica tem estrutura planar

Torções são possíveis ao redor da ligação phi e psi

http://www.fkem2.lth.se/education/kursinfo/biofysikalisk_kemi/kursmaterial/laborationer/ramachandran2004.htm

http://xray.bmc.uu.se/embo2001/modval/03.html

Plot de Ramachandran

Alfa Hélice
A estrutura de uma alfa hélice se repete a cada 5,4Å ao longo do eixo. Isto é o mesmo que dizer que a hélice tem um passo de 5,4Å.
A alfa hélice possui 3,6 aminoácidos por volta. Assim, uma hélice com 36 aminoácidos poderia formar 10 voltas completas
A separação entre resíduos na alfa hélice é de 1,5Å
Cada grupamento C=O e N-H da cadeia principal forma ponte de hidrogênio com a ligação peptídica do quarto resíduo à frente (por exemplo, O(i) com N(i+4). Isto permite a formação de um arranjo estável e regular.
O plano da ligação peptídica é quase paralelo com o eixo da hélice e os dipolos dentro da hélice
Todos os grupamentos C=O apontam no mesmo sentido
Todos os grupamentos N-H apontam no sentido oposto
Os grupamentos laterais apontam para fora do eixo da hélice e