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A maioria dos protozoários apresenta um corpo composto por uma única célula, que pode ter 10µm nos coanoflagelados ou muitos centímetros em alguns dinoflagelados, foraminíferos ou amebas. Esta estrutura corpórea do protozoário é limitada pela membrana celular. A flexibilidade ou rigidez do corpo e de sua forma são super dependentes do citoesqueleto, que está localizado bem abaixo da membrana celular. Logo, o citoesqueleto e a membrana formam o que chamamos de “película”, que é como uma “parede corporal” destes organismos. Filamentos protéicos como a actina, microtúbulos, vesículas como os alvéolos compõem o citoesqueleto.Os protozoários podem apresentar dois tipos de esqueleto: endo e exoesqueleto. As organelas responsáveis pela locomoção do protozoário podem ser os flagelos, os cílios ou ainda extensões fluidas do próprio corpo (ospseudópodes). Alguns destes organismos dependem da fotossíntese, outros se nutrem absorvendo materiais orgânicos e ainda alguns podem digerir partículas alimentares ou presas no interior de vacúolos. Esse alimento que entra no vacúolo através da fagocitose, entra por uma abertura chamada citóstoma. O vacúolo é transferido para o interior, sendo conduzido ao longo da citofaringe (um trato microtubular).

Quando se fala sobre transporte celular, é valido lembrar que a difusão é essencial para o transporte interno nos protozoários. A respiração da maioria desses organismos é aeróbica, que depende da difusão para a tomada de oxigênio e para a liberação de CO2. Entretanto alguns são anaeróbios obrigatórios, especialmente os que vivem emsimbiose no trato digestivo dos animais. Já as espécies aquáticas associadas à decomposição de matéria orgânica podem ser anaeróbias facultativas (utilizam o oxigênio quando estiver presente, mas também são capazes de respirar em sua ausência).

Muitos protozoários de água doce realizam osmose para remover o excesso de água e também para ajustar a concentração e a proporção dos íons. Esta água adicional