Filogenias moleculares
Organismos podem herdar genes[->0] de dois modos: através de transferência vertical, dos progenitores para a prole, ou por transferência lateral, na qual genes migram para organismos sem parentesco definido, um fenômeno comum em Procariontes[->1]. Carl HYPERLINK "http://pt.wikipedia.org/wiki/Carl_Woese"Woese[->2] propôs a teoria de três domínios de vida (Eubacteria, Archaea[->3] e Eucariontes[->4]) baseado na descoberta de que os genes que codificam RNAr[->5] são antigos e se distribuíram em cima de todas as linhagens de vida com pequenas ou nenhuma transferência lateral. Portanto, RNAr são comumente usados como relógios moleculares para reconstruir filogenias. Isto foi particularmente útil para a filogenia de microorganismos para os quais o conceito de espécies não se aplica e que são muito morfologicamente simples ser classificado baseado em características fenótipicas[->6].
[editar[->7]] Amostragem de taxa
Devido ao desenvolvimento de técnicas de biologia comparada[->8], incluindo a biologia molecular[->9], ficou possível comparar grandes quantidades de dados morfológicos[->10], ecológicos[->11] e comportamentais[->12] com a informação proveniente do DNA[->13] ou sequências de aminoácidos. Os caracteres observados são codificados em uma matriz e, a partir de uma série de premissas (a mais fundamental delas sendo que grupos que compartilham características iguais devem possuir uma origem evolutiva comum), são gerados diagramas por vezes chamados de filogenias ou árvores filogenéticas (que na verdade são representações gráficas de uma hipótese sobre as relações evolutivas dos grupos analisados). Quando um grupo de organismos (clado) apresenta uma origem em comum, é considerado natural. Quando esse grupo representa um táxon reconhecido, esse táxon é considerado válido ou natural.
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A Taxonomia de Lineu é extensamente usada nas ciências biológicas. Ela foi desenvolvida por Carolus Linnaeus (Conhecido