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FAT16
Características:
É compatível com praticamente todos os sistemas operacionais. Ele é o sistema de arquivos usado por padrão nos cartões SD e também nos pendrives de até 2GB.
Funcionamento:
No sistema FAT, o HD é dividido em clusters, que são a menor parcela do HD vista pelo sistema operacional. Cada cluster possui um endereço único, que permite ao sistema localizar os arquivos armazenados. Um grande arquivo pode ser dividido em vários clusters, mas não é possível que dois arquivos pequenos sejam gravados dentro do mesmo cluster.
Quem emprega?
Dos
Windows 95
Windows 98
Windows XP/2000
Linux
FAT32
Características:
O FAT32 suporta unidades de até 2TB. Pode alterar o local da pasta raiz e usar a cópia de backup da tabela de alocação de arquivos, e não a cópia padrão.
Funcionamento:
O sistema de arquivos FAT32 utiliza 32 bits no endereçamento de dados. Com ele é possível usar clusters menores, geralmente de 4 KB mesmo com a unidade oferecendo maior capacidade de armazenamento. Desta forma, o desperdício acaba sendo menor.
Quem emprega?
Windows 95,
Windows XP/2000
Linux

NTFS
Características:
Capacidade de recuperar alguns erros de disco automaticamente. Maior suporte para discos rígidos de maior capacidade.
Funcionamento:
Quando os dados são armazenados no disco, o sistema grava os eventos de E/S em um arquivo especial (log.). Se o sistema parar ou encontrar uma interrupção, o SO pode usar este log. para restaurar o volume e prevenir corrupções em um programa que não foi concluído normalmente ou queda geral do sistema (shutdown).
Quem emprega?
Windows NT
Windows XP/2000
Linux
EXT3
Características:
Sistema de arquivos EXT3 é uma evolução do sistema de arquivos EXT2. O EXT3 possui uma vantagem significativa sobre todos os outros sistemas atuais, que é a sua total compatibilidade com o sistema de arquivos EXT2.
Funcionamento:
Os dados do arquivo são armazenados em unidades chamadas blocos. Estes blocos podem ser numerados