ClassFinder: Sistema de Classificação de bactérias por redes neuro-fuzzy com base em características extraídas das seqüências de genes de 16s rRna

Daniel lucas dos santos
Felipe beni
GIOVANI PISA marcio mariano de paula sandro nascimento lima
Classfinder: Sistema de Classificação de bactérias por redes neuro-fuzzy com base em características extraídas das seqüências de genes de 16s rRna
Trabalho de conclusão do curso de Tecnologia em Sistemas de Informação do Setor Escola Técnica da Universidade Federal do Paraná
Orientadores: Roberto Tadeu Raittz e Dieval Guizelini

CURITIBA
2008

sumário
1INTRODUÇÃO 8
2Revisão bibliográfica 9
1.1 Hierarquia taxonômica 9
1.2 Taxonomia e classificação de bactérias 9
1.3 Genes de rRNA 10
1.4 Bioinformática 11
1.5 Algoritmos baseados em alinhamento de seqüências 12
1.6 Aprendizagem de máquina, Reconhecimento de padrões e Inteligência artificial 14
1.6.1 Reconhecimento de Padrões 15
1.6.2 Inteligência Artificial na Bioinformática 15
3JUSTIFICATIVA 17
4OBJETIVOS 17
5MATERIAL E MÉTODOS 18
1.7 FAN – Free Associative Neurons 18
1.8 PostgreSQL 18
1.9 NetBeans 19
1.10 Eclipse (IDE) 20
1.11 JAVA 21
1.12 JAAS 21
1.13 JSF 22
1.14 RichFaces 22
1.15 Ajax4JSF 23
1.16 TomCat 23
1.17 N-gram 24
1.18 Função n-gram utilizada no sistema de ClassFinder 24
6RESULTADOS 25
1.19 Primeiros testes realizados utilizando-se árvores de decisão 25
1.19.1 Quatro atributos 25
1.19.2 Dezesseis atributos 26
1.19.3 ) Vinte atributos 27
1.20 Testes iniciais com redes neurais 28
1.21 Classificação de seqüências de 16S rDNA com redes neurais artificiais 28
7Discussão 31
8CONCLUSÕES 32
9REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS 33
10ANEXO A 37
11ANEXO B 39
1.22 Documentação do sistema classfinder 39
1.22.1 Casos de uso (Use Cases - UCs) 40
1.22.2 Telas (data views) 58 Diagramas de classes 65
1.22.3 Diagramas de seqüências 67 Diagramas de estados 98 Diagrama de Entidade de Relacionamento 99
1.22.4 Diagrama Relacional 100
1.23 Documentação do sistema classfinder 101
1.23.1 Requisitos Mínimos para Instalação como Servidor 101
1.23.2 Requisitos Mínimos para