Capitanias hereditarias
Foram eles que introduziram no país o gado e os animais de carga, bem como a cana-de-açúcar, plantada pioneiramente em São Vicente. A cana era um produto comercial de alto valor que os portugueses já cultivavam com sucesso em suas possessões nas ilhas do Atlântico.
No ano da partida de Martim Afonso, o rei resolveu adotar para a administração do território o sistema de capitanias hereditárias, que já utilizara nas colônias da África e das ilhas do Atlântico. Quinze enormes porções de terra foram doadas a membros da pequena nobreza e comerciantes, em geral com experiência militar e serviços prestados na África ou na Índia.
Resultados insatisfatórios
A divisão do território se estendeu de Belém do Pará até a ilha de Santa Catarina, tendo como limites o Oceano Atlântico a leste e a linha de Tordesilhas a oeste. Arcando com os custos do empreendimento, eles deveriam administrar a exploração das capitanias, contando com amplos poderes na distribuição de terras para colonos e na cobrança de impostos.
O sistema não produziu os resultados esperados. Por um lado, os donatários não tinham interesse ou não dispunham dos recursos financeiros para a colonização. Por outro, o relacionamento com os índios foi se tornando conflituoso, à medida que grupos maiores de portugueses se estabeleciam em suas terras.
Primeiro desastre ecológico
Diferentemente dos comerciantes de pau-brasil, os novos colonos vinham para ficar e submeter a terra aos seus padrões de trabalho e economia. A introdução da agricultura pelo branco - em moldes muito diferentes dos conhecidos pelas aldeias indígenas - significou o ponto máximo de tensão entre os interesses dos dois grupos. Para as grandes plantações, eram necessários os desmatamentos, a expulsão dos nativos e a apropriação das terras