Campeonato Paulista Rio Claro
O mais importante de todos os títulos foi o de Campeão Paulista de 2002 da Série B-1 e os constantes acessos até chegar ao Paulistão de 2007, 2008, 2010 e 2014 com os técnicos Paulo Roberto Santos (2006 e 2013)) e Karmino Colombini (2009).
Anos 2000
Depois de ter tentado varias parcerias que não deram certo em 1990, o Rio Claro contratou o treinador Paulo Roberto Santos, que assumiu o time na quinta divisão estadual, e, anos mais tarde, colocaria o Rio Claro na elite paulista, recebendo o apelido de "Rei do Acesso".
2001
Em 2001, o Rio Claro FC participou da Série B2 do Campeonato Paulista que hoje não existe mais, correspondente à quinta divisão estadual na época. Com um time modesto e com apoio da torcida, o clube chegou à última partida da competição (de pontos corridos) contra o Primavera, e, mesmo com a vitória alcançou o vice-campeonato, o que lhe garantiu vaga na Série B1, a quarta divisão, no ano seguinte.
2002
No ano de 2002, o Rio Claro teria o desafio de, com praticamente o mesmo elenco que havia jogado a quinta divisão no ano anterior, fazer uma boa campanha agora na quarta divisão, antiga Série B1 do Paulista.
No mesmo grupo, Rio Claro e Velo se enfrentaram pela primeira vez no Schmidtão, com empate em 1 a 1 (Toledo marcou o gol rioclarista). O segundo duelo entre o Rio Claro e o Velo Clube aconteceu no Estádio Benito Agnello Castellano, então ainda estádio do Velo. Mesmo fora de casa, o Rio Claro conquistou a vitória por 3 a 2.
Na semifinal do campeonato, o Rio Claro teria pela frente mais um adversário regional: o Lemense , o Rio Claro acabou ganhando o primeiro jogo de 2 a 1 e no outro fez 1 a 0.
Apesar de já ter assegurado vaga na A3 de 2005, o Rio Claro ainda teria pela frente a final contra o Guaratinguetá. Após empate sem gols fora de casa, o Galo Azul bateu o Guará por 3 a 0 no jogo de volta, no Schmidtão, garantindo o título.
2005
No ano de 2005, o Rio Claro FC disputou a Série A3 do Campeonato