Baixo São Francisco
Alagoas
Água Branca
Arapiraca
Batalha
Belo Monte
Cacimbinhas
Campo Grande
Canapi
Carneiros
Coruripe
Craíbas
Delmiro Gouveia
Dois Riachos
Estrela de Alagoas
Feira Grande
Feliz Deserto
Girau do Ponciano
Igaci
Igreja Nova
Inhapi
Jacaré dos Homens
Jaramataia
Junqueiro
Lagoa da Canoa
Limoeiro de Anadia
Major Isidoro
Maravilha
Mata Grande
Minador do Negrão
Monteirópolis
Olho d’Água das Flores
Olho d’Água do Casado
Olho d’Água Grande
Olivença
Ouro Branco
Palestina
Palmeira dos Índios
Pão de Açúcar
Pariconha
Penedo
Piaçabuçu
Piranhas
Poço das Trincheiras
Porto Real do Colégio
Santana do Ipanema
São Brás
São José da Tapera
São Sebastião
Senador Rui Palmeira
Teotônio Vilela
Sergipe
Amparo de São Francisco
Aquidabã
Brejo Grande
Canhoba
Canindé de São Francisco
Capela
Cedro de São João
Feira Nova
Gararu
Gracho Cardoso
Ilha das Flores
Itabi
Japaratuba
Japoatã
Malhada dos Bois
Monte Alegre de Sergipe
Muribeca
Neópolis
Nossa Senhora da Glória
Nossa Senhora de Lourdes
Pacatuba
Pirambu
Poço Redondo
Porto da Folha
Propriá
Santana do São Francisco
São Francisco
Telha
A grande dimensão territorial da bacia do rio São Francisco, estimada em 639.217 km2, motivou a sua divisão por regiões, para fins de planejamento e para facilitar a localização das suas muitas e diversas populações e ambiências naturais. A divisão se fez de acordo com o sentido do curso do rio e com a variação de altitudes.
Assim, a sua parte inicial, tomando como referência a área montanhosa onde o rio nasce, na Serra da Canastra, a 1.280 km de altitude, ganhou a denominação de Alto São Francisco. Estendendo-se até a cidade de Pirapora, no centro-norte de Minas Gerais, a região perfaz uma área de 111.804 km2.
Escoando no sentido sul-norte, no trecho seguinte o rio atravessa todo o oeste da Bahia, até o ponto onde se formou o lago represado de Sobradinho, no município de Remanso. Nessa região, a bacia é