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A matéria orgânica (MO) seria formada de organismos, resíduos de vegetais e de animais, em decomposição.
A matéria orgânica do solo é a principal reguladora da CTC do mesmo.
O carbono (C) orgânico participa com 58% na composição da matéria orgânica do solo. Para se obter o teor de MO%, multiplica-se o teor de carbono por 1,724. Dividindo-se o teor de carbono por 20 teremos uma estimativa do teor de nitrogênio (N) no solo.
Os solos contêm carbono cerca de duas vezes superior a da atmosfera e cerca de três vezes superior à presente na vegetação. A decomposição da matéria orgânica do solo libera CO2 para a atmosfera, e desta é absorvida, novamente, para formar a matéria orgânica.
Uma camada de 0-30 cm de solo leva de mil a dez mil anos para se formar, segundo Harbeli et al. (1991).
A fertilidade do solo depende de um conjunto de processos de natureza física, e outros de natureza química.
As principais causas desfavoráveis ao solo são: a erosão, a mineralização da MO, a impermeabilização, a compactação e a salinização.
A matéria orgânica dá vida ao solo. Sem MO, viva ou morta, o solo não tem condições de promover o desenvolvimento de uma lavoura.
A MO, a partir das substância húmicas, mantém um solo bem estruturado e com uma distribuição equilibrada das partículas (areia, silte, argila), com o aparecimento de poros onde a água e o ar são armazenados, constituindo um meio ideal para o desenvolvimento do sistema radicular, e das plantas.
Através dos ácidos fúlvicos, a matéria orgânica aumenta a CTC do solo proporcionando uma maior retenção de cátions, como K, Ca, Mg, evitando que sejam lixiviados, e suprindo as plantas de nutrientes, através da solução do solo.
A MO, através dos resíduos vegetais que cobrem o solo, forma uma barreira ao impacto das águas da chuva, evitando enxurradas e protegendo-o contra a erosão causada por elas.
As minhocas, as raízes mortas, que compõem a MO do solo, fazem com que apareçam túneis