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Na primeira fase a do jesuítas, quem se destacou é o padre Manoel da Nóbrega, que iniciou a catequese dos indígenas. Nóbrega e os jesuítas desenvolveram as escolas de ordenação, que levaram educação aos filhos dos colonos brancos e aos mestiços. Mas para isto, o padre montou um plano de ensino que se adaptava ao local e à sua missão, que continha o ensino de português, a doutrina cristã e a escola que ensina , ler e escrever. Após este período, os alunos tinham a opção de continuarem os estudos para o aprendizado da agricultura ou seguirem com aulas de gramática, que para dar continuidade a um estudo mais profundo e especifico poderiam finalizando seus estudos na Europa.
Como os jovens e crianças não tinham opções, mesmo os que não queriam ser padres estudavam no local. Com isto, os jesuítas obtiveram quase o privilégio do ensino, fundando vários colégios. Neste período, os jesuítas criaram um projeto de planos de estudos que visavam a formação do homem cristão e tinham um curso básico de Humanidades, com Filosofia e Teologia, chamado como plano de Ratio Studiorum. Mas isto quando os jesuítas foram expulsos, em 1759, tinham no Brasil mais de cem estabelecimentos de ensino levando a educação as crianças.
No entanto, estes colégios se especializaram na educação dos jovens, cabendo às famílias ensinar as primeiras letras, com o auxílio de um orientador ou de alguém mais formado da família.
A segunda fase inicia-se em 1759 com a expulsão da Companhia de Jesus de Portugal e do Brasil, feita por Marquês de Pombal. O ministro do Estado de Portugal, Pombal fez uma série de reformas para adaptar aquele país e suas colônias ao mundo moderno, dos pontos de vista político e cultural, elaborando ideias próximas ao