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As reformas sucessivas da PAC permitiram adaptar os mecanismos utilizados para atingir os objetivos estabelecidos no Tratado. As últimas reformas atribuem à PAC novos objetivos económicos, garantir a segurança alimentar através de uma produção agrícola viável, melhorar a competitividade e a repartição do valor na cadeia alimentar, ambientais (utilizar de forma sustentável os recursos naturais e lutar contra as alterações climáticas) e territoriais (assegurar o dinamismo económico e social das zonas rurais).
Desde a sua introdução, em 1962, a PAC tem cumprido os seus objetivos, garantindo um abastecimento seguro de produtos alimentares. Seguidamente, com a sua política de preços de apoio, que eram muito elevados em comparação com os preços do mercado mundial e a garantia de compra ilimitada, a PAC começou a produzir cada vez mais excedentes. Para acabar com a diferença crescente entre a oferta e a procura e controlar as despesas agrícolas, o Conselho introduziu uma alteração radical na PAC, substituindo um sistema de protecção através dos preços por um sistema de ajudas compensatórias aos rendimentos.
Na sequência de uma baixa significativa dos preços institucionais das grandes culturas, as perdas de rendimentos daí resultantes foram compensadas por ajudas directas por hectare. Relativamente às produções animais, as reduções dos preços da carne de bovino foram compensados pela atribuição de prémios por cabeça de gado. Estas ajudas directas por hectare e os prémios por cabeça de gado foram incluídos na «caixa azul» da OMC .

Em 26 de Junho de 2003, no Luxemburgo, os ministros da Agricultura da União Europeia chegaram a um acordo que, na prática, alterou profundamente a PAC e introduziu uma série de novos princípios e/ou mecanismos:

A dissociação das ajudas em relação aos volumes produzidos, para melhor orientar as explorações em função do mercado e de reduzir as distorções no que diz respeito à produção e ao comércio de produtos agrícolas. Estas